Desde sus inicios, la UASB-E demostró un compromiso inquebrantable con la calidad académica. En 1993, se lanzaron los primeros programas de maestría en Letras, Derecho Económico e Informática, atrayendo estudiantes y profesores de varios países. A estos le siguieron cursos de especialización superior y programas innovadores como el de Reforma Curricular del Bachillerato. Para 1995, la Universidad contaba con un campus propio en Quito, equipado con infraestructura moderna y elementos artísticos que reflejaban la identidad andina. Un hito clave fue la incorporación de la Universidad al Sistema Andino de Integración en 1996, lo que consolidó su autonomía y funcionamiento descentralizado. Este período también marcó el inicio de la publicación de libros y revistas académicas, que sentaron las bases de su prolífica producción editorial.

En el año 2000, la UASB-E ofreció el primer doctorado en Historia en Ecuador, un logro sin precedentes. Con el tiempo, la Universidad amplió su oferta académica a cinco doctorados y múltiples programas de maestría y especialización, convirtiéndose en el principal centro de posgrados del país. Además, se destacaron iniciativas como el Programa Andino de Derechos Humanos y el Centro Andino de Estudios Internacionales. La autoevaluación y la acreditación internacional fueron pasos esenciales para fortalecer su prestigio. En 2010, recibió el reconocimiento de calidad y excelencia tanto a escala nacional como regional. Este éxito se reflejó en su capacidad para atraer estudiantes y docentes de diversos países, además de otorgar becas que promovían la inclusión académica.

El crecimiento de la UASB-E no estuvo exento de desafíos. Durante el gobierno de Rafael Correa, la Universidad enfrentó una serie de tensiones por su defensa de la autonomía universitaria y la publicación de informes críticos sobre derechos humanos. Estas acciones provocaron enfrentamientos con las autoridades, amenazas de cierre y restricciones presupuestarias. Sin embargo, la Universidad mantuvo su compromiso con los principios académicos, recibiendo apoyo de la comunidad nacional e internacional. A pesar de las adversidades, en 2016 la UASB-E continuó innovando y fortaleciendo su oferta académica. La creación de nuevos edificios y el incremento de proyectos de investigación subrayaron su capacidad de resiliencia y su misión de servicio a la sociedad.